S-a născut la 11 februarie 1857 în satul Cordun, lângă Roman, unde părinţii săi, polonezi de origine, administrau moşia din localitate. A urmat studiile teologice la Innsbruck, unde a fost hirotonit preot la 26 iulie 1881. După un an, la 22 septembrie 1882, s-a întors în Moldova şi a lucrat în diferite parohii. După înfiinţarea Episcopiei de Iaşi, a fost numit secretar al episcopilor Camilli şi Jaquet. În această perioadă s-a remarcat prin intransigenţa şi râvna pe care o manifesta faţă de respectarea legilor şi a disciplinei bisericeşti. Astfel, a fost „sfetnicul cel mai de seamă” al episcopului Camilli, pe care l-a ajutat în redactarea pastoralelor. Personal, a compus şi tipărit Catehismul pentru adulţi, Istoria sacră, Călăuza creştinului, Manualul dascălului catolic, iar alte lucrări valoroase au rămas doar în manuscrise.

După aprobarea demisiei episcopului Dominic Jaquet (30 iulie 1903), i-a fost încredinţată conducerea episcopiei, în calitate de administrator apostolic „ad beneplacitum”. Prin circulara nr. 290, din 7 iunie 1904, părintele Malinovski le-a făcut cunoscute preoţilor diecezani obligaţiile clericale pe care le-au luat înainte de hirotonire, în special cele privind sistemul de administrare colectivă a bunurilor parohiale. Această iniţiativă i-a plăcut şi episcopului Camilli când a revenit în ţară, fapt pentru care l-a numit vicar general şi i-a încredinţat misiunea de a-l ajuta la organizarea diecezei.

În anul 1913, părintele Malinovski s-a îmbolnăvit şi a plecat în Polonia pentru îngrijire medicală, însă boala i s-a agravat şi a murit la Cracovia în ziua de 15 august 1916.