S-a născut în anul 1826 într-o localitate din Polonia. A studiat la seminariile Ordinului „Societăţii lui Isus” şi a fost sfinţit preot în anul 1856. La 28 iunie 1885, provincialul Societăţii lui Isus pentru Galiţia l-a anunţat pe episcopul Camilli că îi va trimite doi preoţi pentru activitatea didactică de la Şcoala Parohială din Iaşi, unul dintre ei fiind părintele Habeni. Acesta a fost numit şi superior al noii misiuni iezuite din Moldova.

După ce episcopul Camilli a deschis Seminarul episcopal din Iaşi (29 septembrie 1886), preotul Francisc Habeni a fost numit rector al acestui institut de învăţământ, fiind primul superior al seminarului episcopului Camilli. În această perioadă s-a îngrijit de creşterea şi verificarea vocaţiilor din Moldova, făcând numeroase vizite în satele catolice, a cristalizat un regulament pentru elevii indigeni, un statut al seminarului şi a fost nevoit să intermedieze numeroase tratative cu statul român. Jurnalele sale ne arată minuţiozitatea cu care lucra, îndeplinind toate muncile „atât de necesare menţinerii trudei episcopului Camilli: a avea un seminar pentru preoţi indigeni”.

Munca asiduă depusă de părintele Habeni a lăsat amprente vizibile asupra trupului său, care a slăbit brusc, şi a murit la 7 august 1894. Jurnalul Seminarului diecezan din Iaşi consemnează astfel acest moment: „A murit în vârstă de 68 ani..., la 9 ore 45 minute sara, după ce a primit cu evlavie şi supunere la voinţa lui Dumnezeu sfintele taine”. Înmormântarea a avut loc în ziua de 9 august, în Cimitirul „Eternitatea” din Iaşi.