Născut în 1885, sfinţit preot iezuit pentru Provincia Galiţia din Polonia, a venit în Seminarul Catolic din Iaşi în anul 1931. După ce, la 25 iunie 1932, preotul Felix Wiercinscki a părăsit conducerea Seminarului din Iaşi plecând în Germania la Colegiul Iezuit de la Mittelsteine, părintele Ştefan Jakubek a fost numit rector al Seminarului diecezan.

În toamna preluării acestei misiuni, anul şcolar a început cu cinci profesori, 50 de studenţi la filozofie şi 22 de elevi. Aceştia erau întreţinuţi din colectele făcute în dieceză cu ocazia sărbătorilor de Paşti şi Crăciun, precum şi din ajutoarele provenite de la Asociaţia „Opera Sfântului Petru pentru Clerul Indigen”. Părintelui Jakubek îi revine meritul de a găsi „o structură mai bună a zilei seminariale”. Aceasta includea: 5⁰⁰ – deşteptarea; 5²⁰ – rugăciunea de dimineaţă; 5³⁰ – sfânta Liturghie; 6⁰⁰ – studiu; 7³⁰ – micul dejun, rânduială; 8⁰⁰ – cursuri; 12⁰⁰ – prânzul, vizită la preasfântul Sacrament, recreaţie; 13³⁰ – studiu; 14⁰⁰ – cursuri; 16⁰⁰ – haustus, timp liber; 17⁰⁰ – studiu; 18⁵⁰ – recreaţie; 19⁰⁰ – rozariu; 19²⁰ – cina, vizită la preasfântul Sacrament, recreaţie; 20⁰⁰ – studiu; 20³⁰ – lectură spirituală; 20⁴⁵ – rugăciunea de seară; 21⁰⁰ – culcarea.

În timpul aceluiaşi rector, mai exact în februarie 1934, au început pregătirile pentru introducerea în Seminarul diecezan a Congregaţiei Mariane, acţiune ce avea drept scop dezvoltarea evlaviei către preasfânta Fecioară Maria şi, totodată, formarea simţului de organizare, atât de necesar în activitatea unui preot. Cu această ocazie, s-a început o importantă mişcare literară şi s-au iniţiat adevărate spectacole de teatru. Pe aceeaşi idee a apărut primul număr al revistei elevilor şi studenţilor din Seminarul Teologic Catolic din Iaşi, Legiunea mariană, care avea drept scop „deprinderea în arta scrisului”. La început, aceasta apărea lunar, apoi, o dată la două luni. Deşi a apărut doar câţiva ani, ea „a lăsat în urmă o fărâmă de curaj şi un exemplu de jertfă şi colaborare pentru generaţia care le va lua locul”.

Părintele Jakubek a stat la cârma Seminarului diecezan din Iaşi până în toamna anului 1934, când s-a retras în Polonia.