O dimensiune fundamentală în formarea viitorilor preoţi este cea intelectuală. Astfel, Institutul Teologic, afiliat la Universitatea Pontificală din Lateran, îi ajută pe studenţi în însuşirea cunoştinţelor teologice pe parcursul a şase ani de studiu. Primii doi ani sunt dedicaţi studierii filozofiei şi a limbilor clasice şi moderne, ca pregătire pentru studiul teologiei ce se desfăşoară în următorii patru ani. Materiile teologice mai importante studiate în tot acest timp sunt: exegeza sau studiul Bibliei, teologia dogmatică, morală, liturgică, spirituală şi pastorală, dreptul bisericesc, omiletica şi istoria Bisericii.

În ultimul an, anul VI, studenţii sunt hirotoniţi diaconi şi susţin examenul de bacalaureat în teologie. Alături de aceşti şase ani, în itinerarul viitorilor preoţi este inclus şi un an de practică pastorală şi socială, desfăşurat în diferite parohii sau centre sociale din diecezele de Iaşi şi Bucureşti. Seminariştii care nu au absolvit seminarul liceal trebuie ca, înaintea celor 6 ani de studiu, să facă un an vocaţional de introducere în viaţa şi specificul Seminarului.